Η Ενδοκρινολογική Μονάδα της Γ΄ΠΠ Κλινικής παρακολουθεί εξωτερικούς ασθενείς, ασθενείς νοσηλευόμενους στην Γ΄ΠΠ Κλινική, αλλά καλύπτει ενδοκρινολογικά και όλες τις Κλινικές του ΓΝΑ «Η Σωτηρία», καθώς δεν υπάρχει άλλο αντίστοιχο Τμήμα, Μονάδα ή Ιατρείο στο Νοσοκομείο. Λειτουργεί από το 2014 και είναι πιστοποιημένη από το Κεντρικό Συμβούλιο Υγείας (ΚΕ.Σ.Υ.) για τη χορήγηση πλήρους ειδικότητας Ενδοκρινολογίας (τρεις θέσεις).
Η Ενδοκρινολογική Μονάδα έχει αυτόνομο εκπαιδευτικό έργο, ενώ το Επιστημονικό προσωπικό της συμμετέχει και στα μαθήματα της Ελληνικής Ενδοκρινολογικής Εταιρείας, με την Διευθύντρια κα Γεωργία Κάσση να είναι συνυπεύθυνη για τη διοργάνωση των μαθημάτων. Επίσης έχει αυτόνομο ερευνητικό έργο, στο Ενδοκρινολογικό Εργαστήριο της Γ΄ΠΠ Κλινικής.
Η Ενδοκρινολογική Μονάδα έχει πλούσιο κλινικό έργο, που καλύπτει όλο το φάσμα της σύγχρονης Ενδοκρινολογίας. Συμμετέχει στο Πρόγραμμα Γενικών Εφημεριών του ΓΝΑ «Η Σωτηρία» μαζί με την Γ΄ΠΠ Κλινική, όπου και νοσηλεύει ασθενείς όταν χρειάζεται. Επίσης λειτουργεί εξωτερικά ιατρεία Γενικής Ενδοκρινολογίας καθώς και Εξειδικευμένα Εξωτερικά Ιατρεία.
Οι ασθενείς εκτιμώνται κατόπιν προγραμματισμένου ραντεβού, ενώ το ιατρείο εξυπηρετεί και έναν περιορισμένο ημερήσιο αριθμό υπεράριθμων ασθενών όταν συντρέχει αιτία ιατρικής προτεραιότητας. Γίνεται λήψη λεπτομερούς ιστορικού, πραγματοποίηση ενδελεχούς κλινικής εξέτασης, ενημέρωση των ασθενών και συζήτηση για την διάγνωση ή την πορεία της νόσου αυτών, την θεραπευτική προσέγγιση, καθώς και τους επιθυμητούς θεραπευτικούς στόχους. Οι ασθενείς αρχειοθετούνται σε απόλυτα ενημερωμένους ιατρικούς φακέλους ώστε να διατηρείται η συνέχεια στην περίθαλψή τους ανεξάρτητα από τον εκάστοτε ιατρό που τους εκτιμά. Τα περιστατικά αφορούν όλο το φάσμα των παθήσεων των ενδοκρινών αδένων και του μεταβολισμού (υπόφυση, θυρεοειδή, πάγκρεας, επινεφρίδια, ωοθήκες/ γυναικολογική ενδοκρινολογία, ανδρικός υπογοναδισμός, μεταβολισμό οστών/οστεοπόρωση, δυσλιπιδαιμίες, παχυσαρκία, ενδοκρινική υπέρταση), ενώ για τα περιστατικά Σακχαρώδη Διαβήτη, Θυρεοειδούς και Νευροενδοκρινών Όγκων λειτουργούν ξεχωριστά ιατρεία.